突如日本に現れた未知の生命体（？）、通称「使徒」は人類と戦争中である。
この使徒を完全に倒す方法は使徒内にある「コア」と呼ばれる部分を破壊することのみ。
それを知った人々はコアを破壊しようとするも、使徒の身体能力が優れていることもあり、コアの破壊に大苦戦し、使徒優勢のまま人類はその数を減らしていった。

このままだと人類が滅亡してしまう、そう考えた兵士たちが、使徒のコアではなく他の人々（もちろん仲間である）にしっかりと照準を合わせて銃を撃ち始めたのは一体なぜ？